Giáo dục là một ưu tiên trong các chính sách của chính phủ Djibouti. Từ năm 2009, 20,5% ngân sách hàng năm được dùng cho giáo dục.[10]

Hệ thống giáo dục của Djiboutian ban đầu được xây dựng để phục vụ cho các học sinh thuộc tầng lớp thượng lưu và tiếp nhận đáng kể từ mô hình giáo dục của thực dân Pháp, và nó không thích hợp với hoàn cảnh và nhu cầu của đất nước.

Trong những năm cuối thập niên 90, các nhà chức trách Djiboutian đã điều chỉnh chiến lược giáo dục quốc gia và đưa ra một quá trình tham vấn rộng rãi dựa trên sự tham gia của các cán bộ quản lý, giáo viên, phụ huynh, đại biểu quốc hội và các tổ chức phi chính phủ. Chủ động xác định các lĩnh vực cần quan tâm và các khuyến nghị cụ thể để đi đến việc cải thiện ngành giáo dục nước này.

Chính phủ sau đó đã chuẩn bị một kế hoạch cải cách toàn diện nhằm mục đích hiện đại hóa lĩnh vực giáo dục trong giai đoạn 2000-2010. Vào tháng 8 năm 2000, chính phủ đã thông qua đạo luật Kế hoạch giáo dục chính thức và dự thảo kế hoạch phát triển trung hạn cho năm năm tiếp theo. Hệ thống giáo dục cơ bản được tái cấu trúc đáng kể và việc thực hiện giáo dục là bắt buộc, với năm năm tiểu học và bốn năm trung học. Các trường trung học cũng đòi hỏi phải có Chứng chỉ Giáo dục cơ bản để nhập học. Ngoài ra, luật mới được giới thiệu hướng dẫn dạy nghề cấp cơ sở và các trường đại học được thành lập trong cả nước.

Kết quả của Luật Kế hoạch giáo dục chính thức và dự thảo kế hoạch phát triển trung hạn cho năm năm tiếp theo, đã đạt được các tiến bộ đáng với toàn ngành giáo dục. Trong đó, tỷ lệ nhập học, tham dự và tỷ lệ duy trì việc học đều đặn tăng lên, với một số thay đổi trong khu vực. Từ 2004-2005 đến 2007-2008, học sinh nữ trong trường tiểu học tăng 18,6%; học sinh nam tăng lên 8,0%. Tuyển sinh trong trường trung học so với cùng kỳ tăng 72,4% cho nữ sinh và 52,2% cho nam sinh. Ở cấp trung học, tỷ lệ tăng trong tuyển sinh ròng là 49,8% cho nữ sinh và 56,1% cho các nam sinh.[11]

Chính phủ Djiboutian đã đặc biệt tập trung vào phát triển và cải thiện cơ sở hạ tầng cũng như các thể chế giáo dục và tài liệu giảng dạy, trong đó có xây dựng lớp học mới và cung cấp sách giáo khoa.

Có một trường đại học trong cả nước là Đại học Djibouti.